Отраслевая структура промышленности Дальнего Востока характеризуется значительно меньшей диверсификацией, чем российская. В 1998 г. доля трех отраслей дальневосточной промышленности (электроэнергетики, цветной металлургии и пищевой промышленности) в произведенной продукции промышленности составила 73,3%. Для России вес тех же отраслей не превышал 36%. Удельный вес продукции отрасли машиностроения и металлообработки в общем объеме промышленного производства на ДВ был 8,4%, тогда как для России составил 20,2%. Значительная доля промышленного производства приходится на топливную промышленность Дальневосточного региона - 11,5% (в целом для России - 15,6%). В то же время на Дальнем Востоке очень низкий удельный вес таких отраслей как легкая промышленность -0,3% (в сравнении, общероссийский показатель- 1,8%), мукомольно-крупяная и комбикормовая - 0,7 ( общероссийский показатель- 1,6%), промышленность строительных материалов - 1,6 (общероссийский показатель- 3,6%), лесная, деревообрабатывающая и целлюлозно-бумажная - 2,7 (общероссийский показатель- 3,9%), химическая и нефтехимическая - 0,8 (общероссийский показатель 6,6%), черная металлургия - 0,7% (общероссийский показатель 7,8%). Доля других промышленных производств (медицинской, микробиологической, полиграфической и др. отраслей) составила на ДВ менее 1%, тогда как в целом для России была характерна их более высокая доля - 2,4%.

За период 1991-98 гг. структура промышленности Дальнего Востока значительно ухудшилась: доля отраслей с высокой степенью переработки ресурсов сократилась при абсолютном снижении физического объема производства промышленной продукции в целом. Удельный вес продукции машиностроения и металлообработки снизился почти в два раза - с 15,5% в 1991 г. до 8,4% в 1998 г., пищевой промышленности - с 32,2% до 20,1% , промышленности строительных материалов - с 6,6% до 1,6%, химической и нефтехимической промышленности - с 1,8% до 0,8%, легкой - с 4,3% до 0,3%, пищевой - с 32,2% до 20,1% за тот же период. В целом можно констатировать усиление ресурсоемкого характера промышленности Дальнего Востока, при этом доля топливно-энергетического комплекса составляет около 37% общего объема промышленного производства.

Одновременно выросла доля отраслей специализации, главным образом, сырьевых: доля топливной промышленности выросла с 3,8% до 11,5%, цветной металлургии - с 19,6% до 28,6%. Значительно увеличилась доля электроэнергетики - с 3,5% в 1991 г. до 25,1% в 1998 г. На фоне общего падения объемов промышленного производства увеличение доли сырьевых отраслей свидетельствует о том, что его структура становится более примитивной. Хотя этот же факт можно объяснить сворачиванием непрофильных для региона отраслей и созданием предпосылок для реструктуризации и развития новых направлений в промышленном производстве.